Safnahús hýsir fimm söfn:
- Byggðasafn Borgarfjarðar
- Héraðsbókasafn Borgarfjarðar
- Héraðsskjalasafn Borgarfjarðar
- Listasafn Borgarness
- Náttúrugripasafn Borgarfjarðar
Safnahús er í eigu Borgarbyggðar en þjónar einnig Hvalfjarðarsveit og Skorradalshreppi með þjónustusamningum. Í starfi hússins er tekið mið af menningarstefnu Borgarbyggðar.
Grunnsýningar Safnahúss er Ævintýri fuglanna sem var opnuð í apríl 2013. Hún er hönnuð af lista- og handverksmanninum Snorra Frey Hilmarssyni og er á neðri hæð Safnahúss. Á efri hæð hússins er Hallsteinssalur þar sem settar eru upp tímabundnar sýningar, oft listsýningar en einnig byggðasýningar af ýmsum stærðum og gerðum.
Auk sýninga fer hluti starfseminnar í ýmiss konar verkefni er tilheyra faglegu safnastarfi. Má þar nefna móttöku gagna og muna, flokkun og skráningu. Starfsemi bókasafnsins tekur einnig mið af þessu og mörg verkefni sem unnin eru í húsinu eru unnin í samvinnu tveggja eða fleiri safna.
Safngeymslur eru á þremur stöðum, í geymsluhúsi við Sólbakka og í aðstöðu grófari muna í Brákarey auk geymslulofts í Safnahúsinu sjálfu.