Safnahús er í eigu Borgarbyggðar en þjónar einnig Hvalfjarðarsveit og Skorradalshreppi með þjónustusamningum. Í starfi hússins er mjög tekið mið af menningarstefnu Borgarbyggðar þar sem m.a. er kveðið á um lifandi miðlun menningararfsins og fræðslu til ungs fólks og hvatningu til listsköpunar.
Sýningin Ævintýri fuglanna sem var opnuð í apríl 2013 er hönnuð af lista- og handverksmanninum Snorra Frey Hilmarssyni og er á neðri hæð Safnahúss. Hann hannaði einnig sýninguna Börn í 100 ár sem sett var upp árið 2008 og var hætt 2022. Á neðri hæð er einnig uppsett gömul baðstofa sem kemur frá Úlfsstöðum í Hálsasveit. Á efri hæð hússins er Hallsteinssalur þar sem settar eru upp tímabundnar sýningar, oft listsýningar en einnig byggðasýningar af ýmsum stærðum og gerðum.
Auk sýninga flest mikill hluti starfseminnar í ýmiss konar verkefnum er tilheyra faglegu safnastarfi. Má þar nefna móttöku gagna og muna, flokkun og skráningu, rannsóknir, greinaskrif og skráningu í gagnagrunna auk samvinnu við aðrar stofnanir. Starfsemi bókasafnsins tekur einnig mið af þessu og flest verkefni sem unnin eru í húsinu eru unnin í samvinnu tveggja eða fleiri safna.
Ýmis minni verkefni er stuðla að miðlun menningararfs og safnfræðslu eru á dagskrá Safnahúss árlega. Má þar nefna þátttöku í sameiginlegum verkefnum safna á landsvísu, sumarlestur barna og Sagnakvöld þar sem nýjar borgfirskar útgáfur eru kynntar.
Safngeymslur eru á þremur stöðum, í geymsluhúsi við Sólbakka í Borgarnesi og í aðstöðu grófari muna í Brákarey auk geymslulofts í Safnahúsinu sjálfu.